Uma grande preocupação é a transmissão do HPV da mãe grávida para o bebê. Os estudos evidenciam que antes do parto a criança já pode ser contaminada pois o HPV pode estar no líquido amniótico (o líquido que envolve o bebê durante a gravidez).

Sendo assim o recém nascido já pode ter entrado em contato com o HPV mesmo antes do nascimento.

Por isso que o tipo de parto, normal ou cesárea não interfere na contaminação do recém nascido pois a contaminação já pode ter ocorrido antes do parto.

Estudos que pesquisam a presença do HPV na cavidade oral de recém nascido filhos de mulheres com HPV genital constatam a presença do DNA do HPV já no primeiro dia de vida. Felizmente a maioria destas crianças eliminam o HPV espontaneamente já no primeiro mês. Isso depende da imunidade de cada indivíduo.

Uma situação preocupante é quando a criança permanece com o HPV na cavidade oral e aos 4 anos de idade podem desenvolver a infecção pelo HPV na orofaringe e laringe se manifestando com o quadro de laringite recorrente. Nesses casos o tipo de HPV envolvido geralmente é o menos grave ou seja os tipos que não estão relacionados com câncer, os HPV não oncogênicos ou sejas o tipo 6 e 11.

Nos casos de laringite recorrente por HPV pode  sugerir abuso sexual ou seja a criança foi abusada sexualmente por algum adulto contaminado.